CSH_0116_Complete Single nucleotide polymorphisms
            1 ATGGGGGGAG  ACGTGTCGAA  AAGGACTAGC  TGCTCATCCT  TTTACCTTTT  TTTGTGGTGG   60
            61 TCTGTGTTCC  TCATGTCCTA  TTCACAGTTG  CCCTCAGGTT  CCGTGGACTT  ACTGCGGGCA   120
            121 GTGAACATCG  ATAATGAACC  CCTCGGCGTC  CGCCAGTCCA  TCGGCATGTG  CGACAACAGA   180
            181 GCTCTCAGGA  TAGACGACGA  TGGAAACCCA  GTGTACGGGG  CCGCAGACAT  TGCCTACAGT   240
            241 GTCACTCAGA  CCGCGGTGCT  GACCGTTGCC  ACCTCTCAGC  TCTTCACAGG  AACCTTCCCG   300
            301 TACGACTTCT  CGGTGCTGGC  TACGATCCGT  CCGGAACAAG  GTACCGAAAC  GTATCTGTTC   360
            361 ACCATCTACA  ACAACGTCGG  CCAGGAGCAG  GTGACCGTCT  GGGTTGGCCA  GAACGTCACG   420
            421 TTCTCGTGCA  GGGAGAGCGC  CGAGCTCACC  TCCCTCGCCG  AGGTGTCCTT  CCCCGTGGCG   480
            481 GTCAACGACG  GAAAGTGGCA  CAGGATAGCA  CTGAGTATCA  AAGGGAACTC  TGTCACCCTG   540
            541 CTGAGTGAAT  GCGGCCAGCA  GCTGACGGAA  TCTCTGGAGA  GGAGCGAAGA  TGCCGTCATC   600
            601 GACACCACGG  GTATCATGCT  AATTGGTCAG  CAATTAGTAG  ATGGTGTGTA  TTACGAGGGA   660
            661 GACATTCAGC  AACTCCAGAT  CGTTCCCACT  CCAGAGGCAG  CTTACGAACA  GTGCGTGGAT   720
            721 TTCATACCTG  ACTGTGATTC  TCCTCTCCCT  TACTCCAGGG  GCCCAGAAGA  TACTGTATTC   780
            781 CCAGTTTTTC  CCAGTCCCGT  GCCTCCCAGA  CCGGAGAGGC  CGGATGAAGA  TGACGATGAT   840
            841 GACGACGATG  ATGATGACGA  TGATGATGAT  GATGAAGAAA  TCACGGATTA  CACGGATCCC   900
            901 TACGGCGTTC  CTGGCGTTTA  CAGCAACTAT  ACTCCACCGG  ACGAAGGAAA  TAACGCAGGT   960
            961 GAAAACACCG  GATACCATTA  TTACAATGTC  CAGGGATTGC  CTGGACCTCG  AGGATATCAA   1020
            1021 GGACCCCCAG  GTCCTCCTGG  AACAAAAGGA  GATAAGGGAG  ATCCAGGACG  AGATGGTCTG   1080
            1081 GGTGGACAAG  ATGGTGCAAT  AGGTCCACCA  GGTCATATAT  TTATGATACC  GTATCAACCA   1140
            1141 CAAGGAGACA  ATAAAGGACC  CGATCACACC  GAACCACTGA  GGCAAATGTT  GAGTCAACAT   1200
            1201 ATGCTTGCCA  TGAGGGGTGC  TCCTGGACCC  ATGGGTCTGA  CCGGCATTGC  CGGACCAGTG   1260
            1261 GGTCCCCCTG  GTTTTCAAGG  TCTTAAAGGT  GAGCCCGGAG  AATCAGGTGA  AGAGGGCCCA   1320
            1321 AGAGGTCTCC  GTGGTATGAT  GGGACACCCA  GGTAGACTAG  GTCGAAGGGG  TCCAGGAGGA   1380
            1381 AGGGATGGTG  AAAGAGGATC  ACATGGTGCA  ATGGGATCAA  AAGGTGATAT  TGGTTTACCT   1440
            1441 GGAATGCCAG  GTTTACCTGG  TGAAAAGGGT  GACAGGGGAT  TTACTGGTGC  TCAAGGAGAA   1500
            1501 CCAGGGCTTC  CTGGACATGA  TGGACCACAA  GGAGAAGAAG  GACAGCCTGG  TCCACCTGGA   1560
            1561 TTACCTGGAG  ATATGGGCCC  AAGAGGATTT  ATTGGTCCTC  GAGGATTTCC  TGGACTTCCT   1620
            1621 GGGCCACCTG  GAATTCCAGG  ATCTGAAGGT  GCACCTGGAC  CAAAAGGAAA  AGAAGGTCCA   1680
            1681 CCTGGACAGC  CTGGTCAACC  TGGACAGACT  GGAGCTGGAG  GTCCTTTGGG  CCCTCCTGGA   1740
            1741 CCCCAAGGAC  CACTAGGACC  ACAAGGACTT  ACTGGACCAA  GAGGCAAGCC  AGGTCTTCCA   1800
            1801 GGTTTAGCTG  GAGCAGATGG  ACTTCCTGGC  CCACCCGGAG  AACCTGGTAC  CCCAGGAGCT   1860
            1861 AAAGGTGATC  CTGGTGGACC  TGGACCTCAG  GGACCAATGG  GATTTCCTGG  ACAGCGAGGT   1920
            1921 GTTAAGGGTG  ACCAAGGAGT  GAGAGGACCT  GGTGGTGAAA  AAGGAGAAAA  GGGTTCAAGG   1980
            1981 GGTCAAGATG  GTCTTAAAGG  AGATTATGGC  CCAAAAGGAG  ATCTAGGAGT  TCCAGGCCCT   2040
            2041 GATGGTACAC  CAGGTATAGA  AGGTCCAGAG  GGTCCTAAGG  GCTTTGAAGG  CCCACGAGGT   2100
            2101 GAAATGGGAT  CCCCAGGACC  AACAGGTGAA  AAGGGTAAAA  TAGGAATCCC  TGGATTTCCA   2160
            2161 GGTTACCCTG  GGCACCCTGG  TGCAAAAGGG  GAAAAAGGAT  TCTGGGGAAA  GCCTGGAAAG   2220
            2221 AAAGGTGAGA  AAGGAGAAAG  GGGTCACTCT  GGTTTACCTG  GAGATAGAGG  TCCACAAGGT   2280
            2281 CCAAGGGGAA  ATCGAGGTGT  TCGTGGAAGA  CAAGGAAAAA  CTGGACCTCC  TGGTGACAAG   2340
            2341 GGTAGCACTG  GTGAACCTGG  ATCCCCTGGC  CCCATGGGTG  AGAGAGGCCC  CCAAGGTGTT   2400
            2401 CAGGGACAAA  GAGGATTTGC  TGGTCCCCCA  GGACCCCCGG  GCACAAGAGG  TAAAGATGGT   2460
            2461 GTGGCTGGAA  TGCCTGGTGA  ACGAGGACCT  CCGGGTGAAC  CAGGACCCCT  TGGACCACCT   2520
            2521 GGGCCCCCTG  GAGTTGTTGG  ACCACAAGGA  CCTGCTGGAG  AGCCTGGGCA  ATCTGGAGAA   2580
            2581 ATAGGACCAA  CAGGTATACC  TGGAGTTCCT  GGAGAACCTG  GATTACCTGG  GCCTGCTGGA   2640
            2641 AAAGAAGGAC  CTCCTGGTCC  TCCTGGACCT  GTTGGTGAGA  AAGGTCCAAT  GGGTGTTGTT   2700
            2701 GGACCTCCTG  GTTTCCCTGG  TGATAGAGGA  TTGCCTGGAC  CTGCGGGTGT  TCCTGGCTCC   2760
            2761 AAAGGTGATG  CTGGAGGTCC  TGGAGCTCCA  GGTATCTCTG  GTGAAAAAGG  AGCAGTGGGT   2820
            2821 TTACCTGGGG  ATCCAGGTCC  TCCTGGGGAT  AAGGGTAGAG  ATGGACCACC  AGGGCCCCCA   2880
            2881 GGACCATCTG  GTCCCAAAGG  AGATAAGGGA  GATTCTGGTT  TGCCAGGAAC  TCAAGGTCGA   2940
            2941 GATGGCTTGC  CAGGAAATAG  GGGACTGCCA  GGACCACCTG  GGCCAGCTGG  AACATCAGGA   3000
            3001 GAAGATGGCG  ATAAGGGAGA  TATTGGACCA  CCAGGACAAA  AAGGCATTAA  AGGAGCTAAA   3060
            3061 GGTGATAATG  GTCCACCTGG  ATCACCAGGA  CCCCAGGGTT  TGAGAGGAGA  GCCAGGTGCT   3120
            3121 GCTGGCCCAG  AAGGTGAGAG  AGGAATGCCT  GGACCTCAAG  GTGCAAGAGG  ACCTAAGGGA   3180
            3181 GAAGATGGAC  CTAAAGGACC  ACCTGGACCT  TCAGGTCCTG  CAGGTTTACA  GGGTCTGCCT   3240
            3241 GGACCAAGAG  GCCCTAAAGG  TGACAGAGGA  GATCATGGTA  AAGTTGGACC  ACCTGGACCT   3300
            3301 GCTGGTCAGC  CAGGTGAACC  CGGACCCACT  GGTTCAAAGG  GTGGTGAAGG  AATTGTTGGT   3360
            3361 CCACCTGGCC  CTGAAGGAAA  GCAAGGACCC  AAGGGAGAAG  ATGGAATGCC  AGGAACTCCA   3420
            3421 GGCCCCCCAG  GAAAAGATGG  AGAACATGGC  CCACGTGGAC  CTCCAGGTCC  GAAAGGAGAA   3480
            3481 GATGGTAAAA  TAGGTTTGCA  AGGACCACCT  GGACCCAGAG  GTCCACCAGG  AGGAGCTGGA   3540
            3541 CCTAAGGGTC  TTCCTGGTAA  TCCAGGTTTT  CCAGGGCCAG  CAGGTGAGCC  TGGTGTAGCT   3600
            3601 GGACCCAAAG  GTGCAACTGG  AAAAGATGGA  AATGATGGAA  ATGCTGGAGG  TCCTGGACCA   3660
            3661 CCTGGTCTTC  CTGGAGATGC  TGGTAAAATG  GGTGTTGCTG  GTGCACCTGG  AAAACCTGGA   3720
            3721 CCACCAGGAC  CTGCTGGAAA  ACAAGGTGAT  GTTGGACTTA  CTGGTGAGAA  AGGTGACAGA   3780
            3781 GGACCATTGG  GACCACCTGG  AGAGCAGGGA  CCTGCTGGAG  CTTCTGGCAA  TTCTGGATTA   3840
            3841 CCTGGACCTC  CTGGATTAAG  GGGATCTCCT  GGGCCTGCTG  GTGATGTTGG  TCCACTAGGA   3900
            3901 GCTGCAGGAC  CTACAGGCCA  ACCTGGGAAT  ATTGGTGCTC  AAGGTGACAA  GGGTACAAAA   3960
            3961 GGAGAAAGAG  GAAAACGAGG  ATTAAAGGGT  CATAGAGGAC  TGATTGGAAG  AGCTGGTATG   4020
            4021 AAAGGAAACC  AAGGGGAAAA  GGGAGAAAGA  GGTGAAAAAG  GTCCTCAAGG  TCCTACTGGT   4080
            4081 TTAAAGGGAG  ATCCTGGACC  ATCTGGCATG  GAAGGAATGA  AAGGAAATGA  TGGACCCTCA   4140
            4141 GGGCAGCCTG  GTCTTGAAGG  TCCACCTGGT  CCAAAGGGTG  CACAAGGTCC  TACTGGTCCA   4200
            4201 AAAGGTGATG  CTGGCCCATC  AGGACCTCTA  GGACCACCAG  GACCTCCTGG  TGAAGGACCT   4260
            4261 CAAATCCCTC  CAGAAGTGTT  ATTTCAACGT  GACTATCCCT  ACATGCGTCA  AAGGCGTAGC   4320
            4321 TTGGATGCAG  ATGAAGATCC  TGACAAGATA  TTTGAGAAGG  ATCCAAATAC  TGATGATAAA   4380
            4381 TCAGAAACTT  TACAAGACAA  ACTGCTCAAT  ATGTATGCTA  ATATATACAT  TATGAGGAAA   4440
            4441 GAGATTGATG  TCATTAAGAA  ACCTCTTGGG  ACAAGGAAGA  ACCCAGCAAG  AACTTGTAGA   4500
            4501 GATTTGTACC  TTGGTCATCC  TGATTTCCAT  GATGGTTGGT  TTTGGATTGA  TCCAAATCTT   4560
            4561 GGAATGTCTG  ATGATGCTAT  CAGTGTATTC  TGTAATATGA  CTGCTAGAGG  TCAAACTTGT   4620
            4621 GTATATCCCG  ATAAGCATGC  AGCTATGCAA  CCTGATGTTC  AGTGGAAGAA  AGAGAACATT   4680
            4681 GGTAAGAAAG  AAGTGTGGTT  TAGTTCACTT  AGAGGAGGTT  TCAGAATCAC  TTATGAAAAT   4740
            4741 GTTGGTCCTA  TACAGTTAAC  ATTTTTGAGA  CTTTTAAGCC  AAGAAGCTCA  TCAGAATTTT   4800
            4801 ACATACTCAT  GCACCAATTC  AATAGGCTGG  TTTGACCAAA  CTGCTAACAA  CTATGATTTA   4860
            4861 TCTATAAAAA  TATTGGGAGA  AAATGGTCAG  GAGTTTGGTC  CAAAGGGACA  GAAACCTCTA   4920
            4921 GTTCTTTATG  ATGGCTGCAA  AATTAAAAAT  GGATCCAACA  AATCTGTATT  TGAAGTGCGA   4980
            4981 ACAACCAGAA  TGAATAGGCT  TCCACTTGTT  GACTTCATGC  CAAAAGATTA  TGGGTCCCTA   5040
            5041 GATCAAGGAT  TTGGATTTGA  AATAGGACCA  GTGTGCTTCA  GT     5082
Single Nucleotide Polymorphisms
540G= 0.82T= 0.18  
843C= 0.88T= 0.13  
858C= 0.88T= 0.13  
873T= 0.89A= 0.11  
1044A= 0.51T= 0.49  
2247C= 0.68T= 0.32  
4164A= 0.77T= 0.23  
4200A= 0.61G= 0.39  
4215C= 0.85T= 0.15  
4338T= 0.68C= 0.32  
4404G= 0.65A= 0.35  
4482C= 0.84T= 0.16  
4635G= 0.66A= 0.33T= 0.02 
4749T= 0.62C= 0.38A= 0.01 
4875G= 0.66A= 0.34  
5004A= 0.73G= 0.27