CSH_0436_Complete Single nucleotide polymorphisms
            1 ATGCAGCAAC  AGCAGAATGG  CAACCCTCCT  CAGGGTGGAC  AGACGGAAAA  CGAACCAGAC   60
            61 GAGATGGAGC  GTGATTTGGC  TGATGATGCT  GTCTGGAAAA  GAATACAACA  AAATACCTTT   120
            121 ACAAGATGGG  CAAATGAGCA  TCTTAAAACT  GTAAATAAAA  ATATAACAAG  TTTGGAGACT   180
            181 GATTTGTCTG  ATGGTCTGCG  CTTGATATCT  TTAGTAGAAG  TTCTATCCGG  ACGGCGACTA   240
            241 CCAAAACATA  ATAAAAGACC  AAATTTTAGG  TCACAGAAAT  TAGAAAATGT  ATCCGTGGCT   300
            301 CTCAAATTTT  TACAAGAAGA  TGAAGGAATT  AAAATTGTAA  ATATAGACAG  TTCGGATATA   360
            361 GTTGACTGCA  AGCTTAAGCT  CATCCTTGGT  TTAATATGGA  CCCTTATTCT  ACACTATTCT   420
            421 ATATCCCTTC  CTATGTGGGA  GGGTGAAGAA  GGTGATTCAG  TTTTTGACAA  GAAAAGTGGA   480
            481 CCTTCACCCA  AACAAAGGTT  GCTTGGATGG  ATTCAGAGCA  AACTTCCTGA  TCTACCCATC   540
            541 AACAATTTCA  GTTCTGACTG  GAATGATGGT  CGAGCTGTTG  CAGCCTTGGT  GGATGCTCTT   600
            601 GCTCCAGGTT  TATGCCCTGA  CTGGTGTGAC  ATGAAACCTG  AAAATGCTCT  GCAGAATGCT   660
            661 AAAGATGCCA  TGAATCTTGC  AGATAACTGG  TTGGGAGTGC  CTCAATTAGT  AAAACCAGAG   720
            721 GAAATGGTGA  ATCCTAATGT  AGATGAGTTA  TCTATGATGA  CTTACTTGTC  TCAGTACCCC   780
            781 AAGGCTGAGT  TGAAGCCTGG  TGCACCATTG  AGGCCAAGGA  CAAATCCAAA  CAGAGTTCGC   840
            841 TGCTATGGAC  CTGGTATTGA  ACCCACTGGA  GTGAATGTGG  GTGCACCAAC  AATGTTTACT   900
            901 GTTGAAACAT  TCAGTGCTGG  TAAAGGCAAA  GTAGAAGTTT  TCATTGAGAA  TCCTAAAGGA   960
            961 CAGTTGGAGC  CTGTTGAGAT  AAAATTCAAT  GATGATCGAA  GCAAAACCTA  CACTGTTACT   1020
            1021 TACACTGCTA  AAATTGAAGG  TCTTCATAAA  GTTAAAGTTG  TGTTTGCTGG  AAAGGAAGTT   1080
            1081 CCTAAAAGTC  CATTTAATGT  CATGGTTGAA  GGTCATGCTG  GTGATCCATC  TAAAGTTACT   1140
            1141 GCATCTGGTC  CTGGCCTAGA  ACCTACTGGA  GTTATGGTTG  GAAAGCCAAC  ATATTTTGAC   1200
            1201 ATTTTCACTA  AAGATGCTGG  TCGTGGCCAA  GTGGAAGTTA  TAATTCTTGA  TCCTAAAGGC   1260
            1261 AACAGAAATA  CTGTTCCTTG  CAGAATTCGC  AAAACAGAAG  AGAATGTTTA  TAGGTGTGAA   1320
            1321 TATGTGGCTC  AGACTACTGG  AATGCACTCA  GTAAATGTGT  TCTTTGCTGG  ACAACAAATA   1380
            1381 CCTAAGAGTC  CATTTGGAGT  TAAAGTTACT  CCAGTTTGTG  ATGCACGCAA  AGTGAGAGCT   1440
            1441 ACTGGCAGAG  GTCTTCAGCA  AACTGGTGTT  AGGGTTAAAG  ATATTGCAGA  CTTTAAAATC   1500
            1501 TTCACTGAAA  ATGCTGGTAA  TGGTCAATTG  GATGTTAAAG  TTATTGGACC  AGGTGGTGTT   1560
            1561 CAAGAAAAAC  TTGATATTCG  TAGAGTTGAT  GAACATACTT  ATGATTGTGC  ATACTATCCC   1620
            1621 CAAAAAGAGG  GTCGATACAT  TGTTACTATC  TCTTATGGAG  GTCAAGAAAT  ATTCAAAAGT   1680
            1681 CCTTATGAAG  TAAATGTCGC  TCCTTACAAA  GAGTCTCGAA  TCAAGGTATA  TGGTCCTGGA   1740
            1741 CTTCATGGAG  GTATTGTTGG  TTATCCTGCT  TGCTTTACTG  CTGAAACCAA  TGGTGAAACT   1800
            1801 GGAACATTAG  GTTTCTCAAT  CGAAGGTCCT  TCACAAGCCA  AAATTGATTG  CAAAGATAAT   1860
            1861 GGAGATGGAT  CTGCTGATGT  TCAGTACTTA  CCAACTGCAC  CTGGAGAATA  TGCCATTCAT   1920
            1921 ATTCTCTGCA  ACAAAGAAGA  TATTCCAAAA  TCACCTTACA  TGGCTCAAAT  TCTTCCTAAA   1980
            1981 ACTGATTATT  TCCCTGAGAA  GGTTGAGGCT  TATGGCCCTG  GTTTACAAAA  GACAGGAGTT   2040
            2041 GTTATTGGCC  AGCCCACAGA  CTTTACCATT  GATATACGTA  AAGCTGGAGG  TCATGCACCT   2100
            2101 CTTGATGTGA  GTGTGATGGA  TGATGAGTGC  AAACCTGTAG  ATGTCAAAGT  GACAGATAAT   2160
            2161 AAAGATGGTA  CCTTTAAAGC  CACTTACAAA  CCTACAAAAA  CCAGTAAGCA  TACAGTTCAA   2220
            2221 GTAAACTATG  GTGGAGTTGC  TATACCTAAG  AGTCCATTCA  GAGTTAATGT  TGGAGAGCCT   2280
            2281 ACTGACAGCA  ACAAAGTTAA  AGTATTTGGT  CCAGGAGTTG  AACCTGGTGT  AAAAGCGCAA   2340
            2341 GTGCCAACTC  ATTTCAATAT  TGACTGCAGA  GGTGCAGGAG  CAGGTAATGC  ACAGGTTAAA   2400
            2401 CTGACTGATG  AAAAAGGAGG  ACTTGTTCCT  GTACAAGTTA  TGGATAATGA  AGATGGAACA   2460
            2461 TATTCTGTAG  ATTACGTACC  ACCAAGTGCT  GGAAACTACA  AGGTTTCTGT  TGCATATGCT   2520
            2521 GGAAAAGAAA  TTCCAAATAG  TCCAATAAAG  GTTAAAGTTG  AGCCACAAAT  AGATGTCAGC   2580
            2581 AAAGTAAAAG  TTGATGGCTT  AGAACCAAGT  GTATTCTTGG  ATTCTCTTAC  TGATTTCATT   2640
            2641 GTTGATGCTA  GAGCTGTCTC  CAAACGCAGT  GATGCAAAAG  TTCAGTGTAC  TATTATTAAT   2700
            2701 CCATCTGGGG  CTAGAACAGA  TTCATATGTT  CAAAGCCTAA  ATGATGGAAC  TTACAGAATT   2760
            2761 TGTTATACAC  CATTTGAAGA  AGGAAACCAC  ACTATTGACA  TAACATATGA  TGGCTTGCCT   2820
            2821 GTACCTGGTA  GTCCTTTTAA  AGTCAATGTT  ATGAGAGGTT  GTGATCCTAG  AAAAGTCAAA   2880
            2881 GCATTTGGTC  CAGGCTTAGA  ACAGGCTATT  GTTAATCAAA  CTAACACATT  TACTATTGAA   2940
            2941 ACAAAAGGGG  CTGGTAGAGG  AGGTCTTGGC  TTAGCCATTG  TTGGACCAAC  AGAGCCTAAA   3000
            3001 ATGACATGCA  GAGATAACAG  AGATGGCTCT  TGCACAGTTG  AATATGTGCC  TCTTGCAGAG   3060
            3061 GGACCTCATG  AAATTGATGT  GAAATTCAAC  GATCAGCATG  TCCCTGGAAG  TCCTTTCAAT   3120
            3121 GTTCTGTGCA  CTGCTGCTGT  TGATGCTAGC  AAGGTGAAAG  CTTCTGGACC  TGGAATTGAA   3180
            3181 CCAAACCAGT  GCAGGGCTGG  ACAGAAACTT  CCATTTACTG  TGGATGCTTC  TAAATCAGGA   3240
            3241 AAGGCTCCAC  TTGATGTTCA  AGTAACATCC  GACAAAGGCC  CAATACCTGT  GAAGCCAGAA   3300
            3301 ATTGTTGATA  AAGGAAATAA  CACCTATGAT  GTAGCTTATG  TTCCACCTCC  TGAAGGAAGT   3360
            3361 AAATGCAATG  TCAAAGTACT  ATATGGAGGA  AAAGATATTC  CTGGAAGTCC  ATTCCAGATG   3420
            3421 AAAGTGAAAC  CTGCTGTAGA  ACCCAAGAAT  GTCAAACTCT  CTGGTCCAGG  ATTGCAAAAT   3480
            3481 CAAGTACCAG  CCAGTATCCC  AGTTGAGTTC  ACCATTGATA  CTAAAGAAGC  TGGAAAAGCT   3540
            3541 GAACCAGAAG  TTTCTATTAG  GAGACCAGAT  GGAAAGCCAT  TAAAAGCTAA  AGTAACAGAT   3600
            3601 AATAAGAATG  GCACATACAA  AGTATCTTAT  GTGCCTGAAG  ATGTTGGACC  ACATAAAGTA   3660
            3661 TCTGTTAAAT  ATGGGGGTCA  AGATGTTCCA  AACTCACCTG  TTACAGTTAA  CAGTTATGCT   3720
            3721 GTAGGTCAAG  CTGACAAATG  TAAAATTACT  GAGGGTGTTC  AAGATAAGGT  TTCAATTGGA   3780
            3781 GAAGAATACT  GCATCACTGT  GAATGCTAAT  GAGGCTGGTA  CAGGAGCTGT  AACATGCCAC   3840
            3841 ATTACAAGCA  GCAACACATC  TGGAGATGTT  GACATACAGG  TTGAAGATAA  TGGTGATGGT   3900
            3901 ACATTTTCTA  TTTTCTACTC  TGTTAAAGAA  GTTGGAGATT  ACAGCATCAG  TATGAAGTTT   3960
            3961 GGGGGTAACC  CAGTACCAGG  AGGTACCTTT  TCATTCCAGG  CTGTCACAGA  ACAAGTTGAA   4020
            4021 AGAAAATCAG  TGCGAACTCG  TACAACTCAG  TCAAAAACTA  CTCAGTTCAG  AAGTGTAGAG   4080
            4081 TTACATAGCA  TTGTAATCCC  ACCTGGTGGT  CAAGGACGAA  TTACTGCTGA  AGTCAAGATG   4140
            4141 CCATCTGGAA  AGTATGATAA  GCCAGAGGTG  ATAGATAATC  AGGATGGTAC  TATTTCTATT   4200
            4201 AAATATGACC  CCCGAGAGGA  AGGTCTTCAT  GAGCTACATG  TAAAATATAA  TCAAGAACAC   4260
            4261 ATACCAGGAA  GTCCTTTCAA  AATCTATGTG  GATTCTATCA  CAAGTGGTTA  TGTAACAGCA   4320
            4321 CATGGCCCTG  GTTTAGCTCG  TGGCATTGCT  GGAGAACCTG  CAAACTTTAC  AATTTACACT   4380
            4381 AAAGAGGCTG  GTGTAGGAGG  CTTAGCTGTA  GCTGTTGAGG  GTCCATCTAA  GGCTGAAATC   4440
            4441 AACTGCCATG  ACAATAAAGA  TGGTACTGTT  GCCGTAAATT  ATTTGCCTGC  AGCTCCTGGT   4500
            4501 GAATACAAAA  TTATTGTGAA  GTTTGCTGGG  AAGGACATTA  AAGGCAGTCC  TTTCACTGCA   4560
            4561 AAAATTACAG  GAGAAGGACG  CAAAAGGAAC  CAAATTTCTG  TTGGACATTC  AAGTGAAGTT   4620
            4621 TCTCTCAAAA  TTCAAGAGAA  AGATACTAAA  AACCTTAATG  CTAGTATTGT  TTCCCCTTCA   4680
            4681 GGTTTAGAAG  AACCATGCTT  CTTAAAAACT  CTTCCTAATG  GACACTTAGG  TATTTCTTTC   4740
            4741 ACTCCTCGTG  AGGCTGGTGA  GCACTTAGTA  AATGTAAAGC  GTACTGGAAA  TCACATTCAG   4800
            4801 GGTAGCCCAT  TTAAGATCAA  TGTTTTAGAC  AGAGAAATTG  GAGACTCCTC  TAAGGTTAAA   4860
            4861 GTCACTGGTG  ATGCTTTGAA  AGAAGGCAAG  ACCCAAGTAG  CAAATGAATT  TGTCATTGAT   4920
            4921 ACTAAAGAAG  CAGGATTTGG  TGGTCTCAGT  CTTTCAGTAG  AAGGTCCCAG  CAAAGCTGAT   4980
            4981 ATCCAGTGCA  AAGATAATGA  AGATGGAACT  TTAACGGTTA  GCTATAAGCC  AACAGAACCT   5040
            5041 GGTTACTATA  TTGTAAACTT  GAAATTTGCT  GATCACCATG  TCCCAGGCAG  TCCTTTCACT   5100
            5101 GTAAAAGTCT  TGGGTCAAGG  CTCAAACATC  CAGAGAGAAC  ATATCAAGAG  ACAGAGAGAA   5160
            5161 TCTGCCCCTG  TAGCAGAAAT  TGGAAATGAA  TGCAAATTAA  CTTTCAAGCT  TCCAGGGGCC   5220
            5221 AGTGCCTTTG  ATATGTCAGC  TCGTGTGACA  TCTCCATCTG  GTGTTACAGA  TGATGCTGCA   5280
            5281 ATTTCAGACT  TAGATGACTT  TTTGTACTGT  GTCCAGTTTG  TACCCAAAGA  AGTTGGTGTC   5340
            5341 CACACTGTTA  GTGTTCTTAA  CAAAACCATT  CACATCCCAG  GATCTCCATT  TCAATTTACT   5400
            5401 GTTGGTCCAT  TCAGGGACCA  TGGTGCTCAC  AGAGTGCATG  CTGGTGGACC  TGGTTTAATG   5460
            5461 AGAGGAAATA  CCAATGAAGC  ATGTGAATTT  AATGTATGGA  CTCGTGAAGC  TGGAGCTGGA   5520
            5521 AGCCTTGCCA  TTTCCGCTGA  GGGTCCATCC  AAGGCAGATA  TAGACTTTAA  AGATCGCAAA   5580
            5581 GATGGCTCCT  GCTATGTGAC  ATATAAAGTT  ACAGAACCAG  GTGACTATCG  TGTTGGCATC   5640
            5641 AAATTTAATG  ATCAGCATAT  CCCTGACAGT  CCTTTCTATG  TTTACATTAT  GCCACCAGCA   5700
            5701 GGTGATGCTA  ACAAGATTGA  AATGGGCCAA  ATGCCTGATA  ATATGAAAGT  TAACAAACCA   5760
            5761 GTTATCTTAG  CTATTGTTAT  GAATGGAGCT  AAAGGAAATT  TAGATGGTAA  AGTGATAACA   5820
            5821 CCTTCAGGAA  CAGAAGATGA  CTGCTACATT  GCTCCTCTTG  ATGCTGATCA  ATGGGCCCTG   5880
            5881 CGATTTATGC  CACGAGAAAA  TGGCATTCAT  TTAATAAATA  TCCGCTGTAA  TGGTGTTCAT   5940
            5941 ATCCCAGAAA  GTCCTCTTCG  ATTGAGAGTT  GGTATTGATG  ATGCTGATCC  TGCAGCTGTT   6000
            6001 CAAGCCTATG  GTCAAGGTCT  GAAAGAAGCT  AAGGCTGGTA  CCAAAATGGA  TTTCATTGTG   6060
            6061 GATACATGCA  GTGCTGGTGT  AGGTACTCTT  GCAGTCACAA  TTGATGGTCC  CTCTAAAGTA   6120
            6121 TCTATGGACT  GCACTGAAGT  AGAGGAAGGT  TACAAAGTCA  GATATACACC  TTTGGCTCCT   6180
            6181 GGAGATTACT  TCATAACTGT  GAAATATAAT  GGATATCATA  TTAGTGGCAG  TCCTTTCAAA   6240
            6241 GTTTCATGTT  CTGGTAATGC  TGTCACTGAT  GTGGGTGGTA  AAGAGCAGTC  TTCTGTTGTT   6300
            6301 GTTGATACTG  TTGCTAAGCA  AGCCAAGCAG  AGAGCTGACC  ATTTACCCAG  GTTCCGTTCT   6360
            6361 GATCCTGCCA  AGGTTACTAG  TAAAGGTGTT  GGACTGAAAC  GAGCTCACTT  ACATAAATCA   6420
            6421 AGCCAGTTTA  CAGTAAATTG  TGGAGATGCA  GGAAACAATG  TTCTTTACTG  TGCTGTCTAT   6480
            6481 GGTCCCAAAG  GTCCCTGTGA  TGAAGTCTAT  GTAAAACATC  TAGGACGAAA  TCTGTACCAA   6540
            6541 GTAAACTATA  CTGTTAAAGA  AAGGGGTGAT  CACATTGTTA  TTGTCAAGTG  GGGTGAGGAC   6600
            6601 CATATCCCTG  GCAGTCCATT  CAAAGTAGAG  GTATCT       6636
Single Nucleotide Polymorphisms
81T= 0.85C= 0.15  
1332G= 0.84A= 0.16  
1713G= 0.77A= 0.23  
2511T= 0.66A= 0.34  
2580C= 0.87T= 0.13  
3006A= 0.85T= 0.15  
3200G= 0.79A= 0.19C= 0.02 
3301A= 0.76G= 0.24  
3423A= 0.77G= 0.23  
4545C= 0.71T= 0.29  
5205C= 0.50T= 0.50  
5974A= 0.61G= 0.39